Theo Phó giáo sư, Tiến sỹ Đức, từ khi  nghiên cứu rùa Hồ Gươm đến nay, ông xác định trong Hồ Gươm từng có bốn cụ Rùa lớn. Song đến thời điểm năm 2007, Hồ Hoàn Kiếm chỉ còn duy nhất một cụ ,thi thoảng cụ vẫn nổi lên ở các vị trí khác nhau trong hồ. Hai  cụ đã  chết, tiêu bản xác một cụ được trưng bày ở đền Ngọc Sơn, bộ xương cụ kia hiện giữ trong kho của  Bảo tàng Hà Nội. Một cụ nữa hiện không còn lưu dấu tích vật chất nhưng ông Đức biết qua lời kể của nhà văn Đào Quang Thép, khi ông Thép làm ở Đài Phát thanh Hà Nội ( ở 47 phố Hàng Dầu). Đó là khoảng tháng 7 hoặc tháng  8 năm 1962 -1963, sau một đợt mưa lớn, nước Hồ Gươm tràn bờ, một cụ rùa bò lên Vườn hoa Chí Linh (nay là Vườn hoa Lý Thái Tổ). Một  nhóm tuần tra bắt gặp đã tròng dây vào cổ kéo cụ về trụ sở rồi  làm thịt. Người phụ trách  sau đó đã bị kỷ luật vì để xẩy ra chuyện này và được gọi là “ông ăn di tích”. Ngày 2-6-1967, một trận bão lớn tràn qua Hà Nội, mưa to làm nước hồ dâng lên mấp mé đường ,một cụ nổi lên gần số nhà 16 phố Lê Thái Tổ. Cụ bị thương. Người ta đã dùng lưới  vớt lên. Không biết ai báo tin mà lúc đó có mặt nhiều cán bộ của Sở Văn hoá, Sở Thuỷ sản, Công ty Công viên. Người ta tranh cãi nhau với  2 luồng  ý kiến trái ngược. Công ty Công viên muốn đưa về Bách Thảo để cứu chữa nhưng Xí nghiệp Thuỷ sản Hà Nội lại muốn bán cho Công ty thực phẩm. Trong khi người ta  bàn cãi và tranh luận thì cụ Rùa nằm phơi nắng. Khi nhất trí được ý kiến  đưa cụ  cấp cứu  thì cụ  đã tắt thở.

Tiêu bản hiện nằm trong đền Ngọc Sơn chính là cụ này. Đây là  rùa nước ngọt lớn nhất nước ta dài tới 1,9m rộng 1,1m cao 0,3m và nặng khoảng 200kg. Vào  mùa đông, những ngày có nắng rùa con thường lên phơi nắng ở bãi cỏ ở gò Rùa. Đôi khi cũng có con mon men vào gần bờ. Về mùa hè, rùa thường nổi lên hóng mát ở gốc si sau đền Ngọc Sơn, có con còn bò hẳn lên nhánh cây nửa chìm nửa nổi trên mặt nước nghỉ ngơi. Ban ngày tuyệt nhiên không có con nào bò lên đình Trấn Ba  nhưng về đêm khi cổng đền đóng kín rùa hay mò lên nằm nghỉ chốn này, nhưng hễ có tiếng động mạnh là vội vàng bò ngay xuống nước.

Rùa Hồ Gươm rất tình cảm, nhà văn Lê Bầu khẳng định như vậy vì có lần chính mắt ông  nhìn thấy  một khối tròn to cỡ  cái nón là cứ rập rình theo sóng, bên cạnh khối tròn ấy là một chú rùa cũng  chừng ấy  bơi vòng quanh.Rồi chú  lặn xuống và bất ngờ đội cái khối tròn kia lên trên mặt nước, lúc đó mọi người đứng xem trên bờ mới rõ khối tròn là chú rùa đã chết. Hành động của chú rùa kia cứ lặp đi lặp lại nhiều lần khiến một người lẩm bẩm  “ Người thời nay không bằng vật”. Nhà văn Lê Bầu cũng là người chứng kiến cụ Rùa bị thương rồi chết năm 1967, nhưng ông không biết tiêu bản ở trong đền Ngọc Sơn có phải là cụ rùa đó không vì từ khi rời khỏi đền năm 1973 cho đến nay  ông không quay về “cố cư”, ông lí sự, chẳng nhẽ phải bỏ tiền mua vé về thăm nhà.

Ông Hà Đình Đức là người đưa ra  giả thuyết  rùa Hồ Gươm đã được Lê Lợi thả xuống. Lê  Lợi là vị vua đánh tan giặc Minh lại còn tha mạng sống cho tướng Vương Thông thì ông cũng thừa trí khôn để dệt nên truyền thuyết hoàn kiếm cho thần Kim Qui. Sau khi giành được độc lập có thể vua Lê  nhớ đến truyền thuyết về An Dương Vương với bài học khi xây thành Cổ Loa mà đã dựng nên câu chuyện trả gươm? Trong truyền thuyết An Dương Vương ngoài bài học cảnh giác còn có bài học lớn về chữ  tín. Cái gì vay mượn là phải trả. Có thể Lê Lợi đã rút ra bài học lớn đó cho bản thân cũng như cho các triều vua nhà Lê sau này. Để tăng ý nghĩa và làm bài học  cho quân sĩ và dân chúng ,ông làm điều đó giữa kinh thành mặc dù chỗ mượn gươm là khúc sông Lương (nay là sông Chu) ngay vùng Lam Sơn, quê hương của cuộc khởi nghĩa. Từ thời nhà  Lý cho đến hết  thời nhà Trần, không có nguồn tư liệu nào  cũng như truyền thuyết  dân gian  về rùa lớn trong hồ ở Thăng Long.

Về khoa học, nếu loại rùa lớn  này vốn ở đất Thăng Long thì Hồ Tây, hồ Ba Mẫu, Bẩy Mẫu…và các hồ khác phải có. Nếu hồ Lục Thuỷ có loại rùa lớn sống, ắt sẽ  được ghi vào sử sách. Song  cho đến năm 2006, chưa có bất cứ một phát hiện nào. Theo nghiên cứu của ông Hà Đình Đức, giống rùa lớn ở vùng Lam Sơn (nay là Thọ Xuân, Thanh Hoá) hiện  vẫn còn là cùng loài với rùa Hồ Gươm . Nhưng cũng có thể Lê Lợi đã đưa rùa  từ Hòa Bình về. Tháng 4-1993, người ta đã bắt được một con nặng 175 kg ở đầm Quỳnh Lâm, thị xã Hoà Bình, người ta cũng bắt được một con nữa nặng 121 kg (tiêu bản hiện được lưu giữ ở  Bảo tàng tỉnh Hoà Bình). Sử sách ghi lại rằng trong 6 năm đầu tại vị thì 4 năm liên tiếp Lê Lợi  đã có những  cuộc hành quân lên Tây Bắc để dẹp  các tù trưởng nổi loạn. Do đó rất có thể ông đã phát hiện và đưa rùa từ Hoà Bình theo đường sông. Năm 2004, Viện Công nghệ Sinh học đã tiến hành xác định gene của các loại rùa mai mềm kích thước lớn (trong đó có rùa Hồ Gươm) và cho kết quả Rùa Hồ Gươm là loại Giải Thượng Hải Rafetus swinhoei. Tuy nhiên Phó giáo sư, Tiến sĩ Hà Đình Đức cho rằng đây là loài rùa mới  với tên là Rafetus leloii và công  bố trên Tạp chí Khảo cổ  số 4-2000. Tên loài rùa này cũng đã có trong danh lục các loài rùa trên thế giới. Các nhà khoa học trên thế giới nghiên cứu về loài này  như Tiến sĩ Peter Maylan ( Đại học Eckerd), giáo sư Kraig Adler ( Đại học Cornell- Mỹ) đã  đồng ý với quan điểm của ông Đức  rằng rùa Hồ Gươm thuộc loài rùa mai mềm nước ngọt, loài  thứ 5 có ở Việt Nam và cũng là thứ 23 trên thế giới (tính đến năm 2006, có 22 loài rùa nước ngọt trên thế giới được biết đến).

Phó giáo sư, Tiến sĩ Hà Đình Đức đã thống kê số  lần rùa nổi, từ tháng 10-1991 đến 6-2005, là hơn 200 lần trong đó có 35 lần rùa nổi trùng hợp với một sự kiện gì đó đặc biệt của Hà Nội hay đất nước. Có nhiều lần cụ nổi lên nhân  lùng bùng  quanh việc nạo vét Hồ Gươm hoặc tôn tạo các di tích quanh hồ. Ông Đức kể ông  nhớ nhất là sáng ngày 27-9-2000, hôm khánh thành khu tưởng niệm vua Lê, cụ bơi vào ghé đầu lên kè đá đền Ngọc Sơn  từ 8 giờ 20 phút đến 10giờ 20 phút trước sự chứng kiến của nhiều người.Lần khác  một số người  bơi thuyền ra Tháp Rùa thắp hương xin phép  về Lam Kinh tìm lại hậu duệ của cụ, lúc  trở  vào bờ thì nhìn thấy tăm  hướng về mũi thuyền. Sau đó cụ bơi đến và nhô đầu sát mạn thuyền. Mọi người trên thuyền sợ quá đều chắp tay lạy,lúc ngẩng lên thì cụ đã lặn. Ngày 4-11-2006,một tháng trước khi diễn ra Hội nghị APEC tại Hà Nội, tôi đã chứng kiến cụ nổi lên  cách bờ 3 mét đoạn gần bến xe buýt ở phố Đinh Tiên Hoàng .

Trong một truyện ký có tên “Rùa Hồ Gươm”, in  năm 1991, nhà văn Nguyễn Dậu, người “quẩn quanh”bên Hồ Gươm nhiều năm và biết rất nhiều chyện về các cụ rùa viết rằng ông phân biệt và đếm được tới 17 cụ  trong hồ. Theo Nguyễn  Dậu thì cụ to  nhất không thấy xuất hiện nữa. Hai cụ bị đánh trọng thương và chết, xác được làm tiêu  bản trưng bày. Hai cụ bị bọn câu trộm cá  chở đi làm thịt có kích thước rất lớn. Trong truyện ký nhà văn Nguyễn  Dậu mô tả rất tỉ mỉ chuyện  một đôi vợ chồng rùa làm cái chuyện bảo tồn nòi giống và đào ổ đẻ hàng trăm trứng. Một số ý kiến cho rằng hiện nay rùa Hồ Gươm có đến 5 cụ  nhưng ông Đức chỉ tin còn một cụ duy nhất. Rùa Hồ Gươm đang đứng trước nguy cơ bị đe doạ do các yếu tố tác động bên ngoài, do môi trường, do con người và bởi  tuổi tác của cụ quá cao. Đầu năm 1992,Sở Giao thông Công chính Hà Nội trình Uỷ ban Nhân dân Thành phố dự án nạo vét hồ bằng phương pháp cơ giới tức là dùng máy hút bùn. Dự án đã gặp phải sự phản đối của các nhà nghiên cứu sinh học vì nếu làm như vậy không chỉ  giết chết rùa con mà còn  phá huỷ môi trường sinh sống của tảo và các vi sinh vật  trong hồ.Ngày 17-9-1993, dự án bắt đầu nhưng phải nạo vét bằng phương pháp thủ công theo đề xuất của ông Hà Đình Đức. Ngày 15-11-1993 công việc nạo vét  hoàn thành. Ngày 17-11-2003, nước Hồ Gươm chỗ sâu nhất chỉ còn 1,2mét, chỗ cạn nhất chỉ còn 0,9 mét. Nguy cơ nước cạn sẽ nguy hiểm cho cụ  làm nhiều người Hà Nội lo lắng. Người ta đưa ra phương án bơm nước vào hồ và cuối cùng thì lựa  chọn phương pháp nạo vét. Công việc kết thúc vào ngày 13-1-2004 sau 6 ngày. Ông Đức còn  cảnh báo, Hồ Hoàn Kiếm đã xuất hiện rùa Tai Đỏ, đây là giống rùa xâm hại chỉ có ở các bang Virginia, Oklamaha, Florida của Mỹ và ở Mexico, Brazin.

Đến năm 2006 cũng chưa có phương án gì để loại bỏ giống rùa này ra khỏi hồ. Rùa Hồ Gươm có lẽ là loài được quan tâm nhất so với các giống rùa mai mềm khác trên thế giới. Tuy nhiên vẫn không thiếu người thả cá, rùa lạ vào ngày ông Công, ông Táo về trời (23-12,âm lịch). Lại còn rác và đủ các chất  độc hại xả xuống. Tuy không còn nước thải từ phía Bắc thành phố chảy  trực tiếp vào hồ nữa nhưng ông  Đức rất băn khoăn về cái cống thoát  phố Hàng Khay, cống này không giữ được nước về mùa cạn. Ngày 10-5-2007, ông Lưu Đức Ngò sinh năm 1946 giáo viên nghỉ hưu bắt đầu chụp ảnh rùa từ 9-10-2002, đã mở triển lãm ảnh với 117 bức ảnh về rùa Hồ Gươm tại 19 Nguyễn Tri Phương. Ông cũng là người bán được nhiều ảnh rùa với số tiền lên đến hơn 100 triệu đồng.

Nhà báo Nguyễn Ngọc Tiến (Trích từ cuốn “5678 bước chân quanh hồ Gươm”)